Pod koniec XX wieku Uniwersytet Jagielloński kształcąc blisko 30 tys. studentów i skupiając ogromny potencjał naukowy ponad 1000 samodzielnych pracowników naukowych i około 1200 doktorów zajmował czołowe pozycje w różnych rankingach mogąc się poszczycić najwyższą wydajnością naukową mierzoną liczbą publikacji uwzględnionych w międzynarodowych bazach danych. W tym czasie znajdował się w niezwykle trudnej sytuacji lokalowej, którą jednoznacznie określa wielkość powierzchni użytkowej przypadającej na jednego studenta. Wskaźnik ten osiągnął najmniejszą wartość wśród wszystkich polskich uczelni tj. około 2,5m2/studenta, podczas gdy średnia to 9m2/studenta.

Idea budowy Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego zlokalizowanego w Pychowicach znalazła swoje odzwierciedlenie w uchwale nr 9/96/97 z dnia 26.03.1997 r Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego w sprawie inwestycji rozwojowych UJ. Dała ona podstawę do działań związanych z zakupem działek oraz podjęcia rozmów z Ministerstwem Edukacji Narodowej oraz grupami poselskimi. Efektem tych rozmów było ustalenie, że Uczelnia winna postawić „pierwszą stopę” na tym terenie w postaci obiektu jakim miało być Centrum Badań Przyrodniczych. W roku 1998 rozpoczęła się budowa tego obiektu, który został zaprojektowany przez Biuro Projektów Asymetria – architekt Witold Gilewicz a zrealizowany przez firmę Naftobudowa Kraków. Obiekt o powierzchni użytkowej 2,8 tys. m2 i wartości 8 600 tys. zł. sfinansowany ze środków własnych UJ  został zakończony i przekazany do użytkowania w sierpniu 1999 r. Pozwoliło zgodnie z ustaleniami wprowadzić do planu budżetu państwa inwestycji wieloletniej pod nazwą „III Kampus UJ I etap, 1 zadanie Kompleks Nauk Biologicznych”. Inwestycja ta była realizowana w latach 1999 – 2001 i po ustanowieniu dnia 23 maja 2001 r Programu wieloletniego została zamknięta i rozliczona zgodnie z wykonanym zakresem rzeczowym. Zakres pozostały do wykonania został realizowany w ramach Programu wieloletniego jako zadanie inwestycyjne pod nazwą „Dokończenie Kompleksu Nauk Biologicznych”

Program wieloletni „Budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego”, ustanowiony dnia 23 maja 2001 r. Dz. U. Nr 67 poz. 677 z dnia 29.06.2001 r., przewidywał termin zakończenia inwestycji na rok 2010. Ustawa o zmianie ustawy o ustanowieniu programu wieloletniego „Budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego” (Dz. U. nr 79 poz. 664 z dnia 28.05.2009 r.) ustaliła nową wartość tego programu na kwotę 962 500 000 zł (z tego środki budżetu państwa 946 543 000 zł w cenach roku 2008) oraz zmieniła termin realizacji Programu, wydłużając go do roku 2015. 15 stycznia 2015 roku uchwalona została kolejna ustawa o zmianie ustawy o ustanowieniu „Programu Wieloletniego Budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego” w której ustalono okres realizacji programu na lata 2001-2017.

Jest to inwestycja celu publicznego, której realizacja jest priorytetem dla państwa, a także taka, która stała się impulsem do zainwestowania przez Miasto Kraków znacznych środków finansowych w infrastrukturę komunikacyjną i komunalną. Zapewnia ona polepszenie warunków kształcenia i prowadzenia badań naukowych oraz rozwój innowacyjności i przedsiębiorczości akademickiej.

Budowa Kampusu była czynnikiem motywującym duże firmy, takie jak Motorola, EricPol S.A. oraz Grupa ONET.PL S.A., do lokalizacji swoich obiektów w sąsiedztwie Kampusu.
W firmach tych zatrudniani są absolwenci krakowskich uczelni .